همزمان با برگزاری مانور نظامی در نخجوان، خبرگزاری فرانسه گزارش داد بر اساس برخی اطلاعات، جمهوری اسلامی آسمان ایران را از روز سه‌شنبه به روی هواپیماهای نظامی جمهوری آذربایجان بسته است. همزمان وزیر خارجه ایران برگزاری مانورهای آذربایجان را «تحریک‌آمیز» خواند.
برخی رسانه‌های جمهوری آذربایجان نوشتند ایران روز سه‌شنبه این ممنوعیت را به اطلاع مقام‌های آذربایجان رسانده است.
وب‌سایت خبری آپا این خبر را به نقل از منابع نظامی آذربایجان گزارش داد.
همچنین خبرگزاری توران در آذربایجان نوشت در پی این اقدام ایران، ارتباط نظامی آذربایجان و نخجوان از طریق ترکیه انجام می‌شود.
هنوز مقام‌های رسمی ایران به این خبر واکنشی نشان نداده‌اند، اما علی فدوی جانشین فرمانده سپاه پاسداران، روز چهارشنبه درباره تحولات این منطقه گفت: «یک سری شیطنت‌ها برقرار می‌شود، اما تنشی در کار نیست.»
این خبر کمی پس از انتشار خبر بسته شدن حسینیه نماینده علی خامنه‌ای در باکو منتشر شد.
مانور نظامی مشترک آذربایجان و ترکیه در نخجوان از روز سه‌شنبه ۱۳ مهر آغاز شده و تا روز جمعه ادامه دارد.
در تصمیم دیگری که به نظر می‌رسد واکنش آذربایجان به این اقدام ایران است، شرکت هواپیمایی جمهوری آذربایجان، آذال، روز چهارشنبه با انتشار بیانیه‌ای از آغاز پروازهای باکو-نخجوان این شرکت از مسیر آسمان ارمنستان خبر داد.
پیشتر این پروازها از آسمان ایران انجام می‌شد.
حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه ایران، روز چهارشنبه در مسکو درباره مانور نخجوان گفت: «جمهوری آذربایجان شش مانور با برخی طرف‌های خارجی برگزار کرده، اما ایران فقط یک رزمایش برگزار کرد.»
او بار دیگر نسبت به آنچه حضور اسرائیل در منطقه قفقاز خواند، ابراز نگرانی کرد و گفت تهران «تغییر نقشه» منطقه را تحمل نخواهد کرد.
تنش‌ها میان ایران و جمهوری آذربایجان پس از آن افزایش یافت که دو راننده ایرانی کامیون از سوی نیروهای آذربایجان بازداشت شدند.
آذربایجان که مناطقی را در جریان جنگ اخیر با ارمنستان بازپس گرفته، اعلام کرده که رانندگان ایرانی برای عبور از آذربایجان به مقصد ارمنستان باید عوارض بدهند.
مقام‌های جمهوری اسلامی می‌گویند اسرائیل در روابط بین ایران و جمهوری آذربایجان «توطئه» می‌کند؛ اتهامی که از سوی الهام علی‌اف، رییس جمهوری آذربایجان، رد شده است.
روزنامه اسرائیل‌هیوم به نقل از مقامی که نامش فاش نشده، نوشت با افزایش تنش میان تهران و باکو، آذربایجان در حال بررسی خرید سیستم دفاعی «ارو-۳» اسرائیل است
