مروزنامه جمهوری‌اسلامی در سرمقاله خود با اشاره به مذاکرات آتش‌بس بین اسرائیل و حماس، انجام حمله هفتم اکتبر به اسرائیل را «اشتباه» توصیف کرد. این مقاله خسارت‌های وارد شده در نتیجه این حمله به جریان‌های ضداسرائیل در منطقه، از ایران تا لبنان را نشانه آن دانست.
جمهوری اسلامی که زیر نظر نماینده علی خامنه‌ای اداره می‌شود، در سرمقاله شماره ۲۰ مهر خود با عنوان «آیا این طوفان برنده‌ای داشت؟» به حملات اسرائیل پس از «طوفان الاقصی» که نویسنده تاریخ آن را به اشتباه «۱۵ شهریور ۱۴۰۲» ذکر کرده ، نوشت: «بر خلاف بسیاری از تحلیل‌ها و اظهارنظرها، عملیات طوفان‌الاقصی یک اشتباه بود.»
نویسنده تاکید کرد تحریریه روزنامه جمهوری‌اسلامی از اولین لحظات مخابره وقوع حمله به اسرائیل اعتقاد داشته که این عملیات اشتباه بوده و اکنون پس از دو سال، «باور» تحریریه جمهوری اسلامی به اشتباه بودن عملیات «راسخ‌تر» شده است.
هشتم آذر ۱۴۰۲، حدودا دو ماه پس از ۷ اکتبر، علی خامنه‌ای حمله حماس به اسرائیل را در راستای «آمریکا‌زدایی از منطقه» خواند و گفت: «عملیات طوفان الاقصی به معنای واقعی کلمه توانست جدول سیاست‌های آمریکا در این منطقه را به هم بریزد.»
روزنامه جمهوری اسلامی نظیر روزنامه‌های کیهان و اطلاعات، با حضور«نماینده ولی فقیه» در مدیریت، زیرمجموعه دفتر رهبر جمهوری اسلامی توصیف می‌شود. اما مسیح مهاجری، مدیرمسئول این روزنامه، برخلاف حسین شریعتمداری، مدیرمسئول کیهان، مواضع تندی در انتقاد به بخش‌هایی از حاکمیت داشته و دارد. او و روزنامه جمهوری اسلامی، به دفعات از اکبر هاشمی رفسنجانی و میرحسین موسوی دفاع کردند.
جمهوری اسلامی مرگ حسن نصرالله، دبیرکل سابق حزب‌الله لبنان را «بزرگ‌ترین خسارت» به جبهه ضد اسرائیلی در جهان عرب توصیف کرد.
خامنه‌ای ۱۳ مهر ۱۴۰۳ پس از مرگ نصرالله، به عنوان خطیب در نماز جمعه تهران حاضر شد و با تاکید بر این‌که حمله موشکی سپاه پاسداران به اسرائیل «کمترین مجازات» برای این کشور بود، گفت کشتن فرماندهان حزب‌الله لبنان و حماس باعث حذف اسرائیل از منطقه خواهد شد.
روزنامه جمهوری اسلامی در ادامه سرمقاله خود به فرار بشار اسد از سوریه اشاره کرد و نوشت: «خارج شدن سوریه از جبهه ضداسرائیلی و بلعیده شدن آن توسط آمریکا و اسرائیل یکی از بزرگ‌ترین خسارت‌های وقایع دو سال اخیر است.»
آذر ماه ۱۴۰۳ پس از مرگ نصرالله در لبنان، حکومت بشار اسد، متحد قدیمی جمهوری اسلامی، به طور غیر منتظره‌ای
در پاسخ به انتقادات بابت سالها هزینه مالی و اقتصادی جمهوری اسلامی در سوریه برای نگهداشتن اسد در قدرت، خامنه‌ای در یک دیدار که ۲۱ آذر ۱۴۰۳ برگزار شد، گفت همه امکانات برای حمایت از اسد آماده بود اما «آسمانها بسته بود، زمین بسته بود، رژیم صهیونیستی و آمریکا هم آسمان سوریه را بستند هم راههای زمینی را بستند، امکان نداشت.»
روزنامه جمهوری اسلامی در ادامه به جنگ ۱۲ روزه و کشته شدن طیف گستردهای از راس هرم تصمیمگیری نظامی و امنیتی جمهوری اسلامی اشاره کرد و نوشت بمباران مراکز هستهای ایران از عوارض زیانبار این جنگ بود.
تاسیسات هستهای نطنز، اصفهان و فردو در حملات مشترک اسرائیل و ایالات متحده، مورد هدف قرار گرفتند. گزارشهای متناقضی درباره میزان تخریب این تاسیسات منتشر شده است، اما همگی تایید کردند برنامه هستهای جمهوری اسلامی با این حملات به طرز قابل توجهی به عقب بازگشته است.
روزنامه جمهوری اسلامی در پایان، «نابودی حماس» و «آزادی گروگانهای اسرائیلی» را دو هدف اسرائیل دانست که به نوشته این روزنامه با وجود حدود دو سال جنگ نظامی به آنها دست نیافته است، اما این کشور قصد دارد با استفاده از توافق آتش‌بس به آنها برسد.
این روزنامه هشدار داد که معلوم نیست «اسرائیل پس از آزادی گروگانها به توافق پایبند بماند» و نوشته است وقایع هفتههای پیشرو مشخص کرد برنده درگیریها پس از حملات ۷ اکتبر کدام طرف بوده است.
