انجمن «اسلام سکولار» در هامبورگ در نامه‌ای به وزیر کشور آلمان خواهان تعطیلی فوری مرکز اسلامی هامبورگ، وابسته به جمهوری اسلامی شد. این انجمن در نامه خود تاکید کرد که مرکز اسلامی هامبورگ اقداماتی همچون یهودی‌ستیزی و جاسوسی از شهروندان ایرانی را انجام می‌دهد.
انجمن اسلام سکولار یادآوری کرد که بر اساس گزارش سازمان امنیت داخلی آلمان، مرکز اسلامی هامبورگ محلی برای «اشاعه یهودی‌ستیزی»، «اشاعه ایدئولوژی جمهوری اسلامی» و «جاسوسی از شهروندان ایرانی» است.
نجلا کلک، جامعه‌شناس ترک‌تبار در آلمان و رییس این انجمن، در نامه‌اش تاکید کرد که این مرکز وابسته به جمهوری اسلامی، به محلی برای ارتباط با حزب‌الله لبنان و شبکه‌های آن تبدیل شده است.
دولت آلمان گروه حزب‌الله لبنان را در زمره گروه‌های تروریستی اعلام کرده است.
محمدهادی مفتح، رییس مرکز اسلامی هامبورگ، در آبان ماه سال ۱۴۰۱ از آلمان اخراج شد.
پیش از آن نیز سلیمان موسوی‌فر، معاون مفتح از این کشور اخراج شده بود.
اداره امنیت داخلی هامبورگ در تیر ماه سال ۱۴۰۰ اعلام کرده بود مرکز اسلامی هامبورگ «مرکز مستقیم» فعالیت‌های جمهوری اسلامی ایران در آلمان بوده و از شبکه‌های حزب‌الله لبنان پشتیبانی می‌کند.
مرکز اسلامی هامبورگ از دستگاه امنیت داخلی آلمان به دلیل این گزارش شکایت کرده و روز هشتم اردیبهشت، رسیدگی به این شکایت در دادگاه عالی اداری هامبورگ آغاز شد.
قاضی دادگاه در سخنان آغازین خود به وکیل طرف ایرانی گفت: «شکایت‌های متعددی هم علیه مرکز اسلامی هامبورگ مطرح است که باید به آن‌ها هم رسیدگی شود.»
او افزود: «البته امروز فقط به شکایت شما رسیدگی می‌شود و طبیعی است نمی‌توان پیش‌بینی کرد نتیجه دادگاه چه خواهد بود.»
نهاد اطلاعاتی هامبورگ پیش از این و در سال ۲۰۱۹ نیز در گزارشی اعلام کرده بود حدود ۳۰ مسجد و مرکز فرهنگی در آلمان به گروه حزب‌الله لبنان وابستگی دارند.
مهر ماه سال ۱۳۹۹ هم‌زمان با روز «درهای باز مساجد» در آلمان، گروهی از ایرانیان مخالف جمهوری اسلامی با تجمع مقابل این مرکز خواستار تعطیلی آن شدند.
