همزمان با انتشار گزارش‌هایی درباره سفر نیری به آلمان، یک نماینده پارلمان آلمان صدور ویزا برای نیری را «مایه شرمساری» خوانده و یک نماینده آلمان در پارلمان اروپا خواستار توقف صدور ویزاهایی از این دست شده است.
با این حال خبرگزاری میزان، وابسته به قوه قضاییه، خبر سفر نیری، یکی از اعضای هیات مرگ در تابستان سال ۶۷ به آلمان را تکذیب کرده و نوشته او طی روزها، ماه‌ها و حتی سال‌های گذشته هیچ سفری به کشور آلمان نداشته و این خبر کذب است.
خبر حضور نیری در کلینیک علوم مغز و اعصاب در هانوفر روز یکشنبه منتشر شد و اعتراض‌هایی را به دنبال داشت.
با وجود این اعتراض‌ها، وزارت خارجه آلمان در پاسخ به سوال نشریه دی‌ولت و دیگر سوال‌ها درباره حضور حسینعلی نیری در آلمان اعلام کرد که به دلیل «حفاظت از داده‌های شخصی» در مورد صدور ویزا برای او اظهار نظر نمی‌کند.
این نشریه به نقل از منابعی افزود نیری در هانوفر تحت عمل جراحی قرار گرفته است.
رناتا آلت، نماینده پارلمان آلمان، با ارسال ایمیلی به دفتر ایران اینترنشنال در برلین، حضور نیری در یک کلینیک خصوصی در شهر هانوفر را «مایه شرمساری» و «یک رسوایی» خواند و افزود که او باید به دلیل نقش خود در اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی، در آلمان محاکمه شود.
رناتا آلت یادآوری کرد که همزمان با حضور نیری در این کشور، جمشید شارمهد،شهروند ایرانی- آلمانی با حکم اعدام مواجه است.
هانا نیومن، نماینده آلمان در پارلمان اروپا، نیز در توییتی با اشاره به حضور نیری در آلمان نوشت: «ملاها ایران از مردم ایران می‌خواهند که در هنگام بیماری سخت در مساجد دعا کنند، اما خودشان به این رحمت خدا اعتماد ندارند و با صرف پول زیادی برای درمان به خارج از کشور سفر می کنند.»
او خواستار توقف صدور ویزاهای این چنینی برای افرادی شد که سال‌ها در ایران شکنجه و آدمکشی می‌کنند.
نشریه دی ولت و برخی از دیگر نشریات آلمانی مصاحبه‌هایی را با خانواده برخی از زندانیانی که با حکم هیات مرگ در تابستان سال ۱۳۶۷ اعدام شدند، منتشر کرده‌اند.
با بالا گرفتن اعتراضات، «انجمن آزادی برای خاورمیانه» اعلام کرد منابعی از داخل انستیتو بین‌المللی مغز و اعصاب اطلاع داده‌اند نشانه هایی مبنی بر این وجود دارد که نیری فراری داده شده است.
این نهاد حقوق بشری در بیانیه‌ای که یک نسخه از آن را برای دفتر ایران اینترنشنال در برلین فرستاده، اعلام کرده پرونده پزشکی نیری از سیستم کامپیوتری مرکز حذف شده و طبقه‌ای که او در آنجا بستری بوده پاک‌سازی شده است.
این انجمن از مقامات قضایی آلمان خواست هرچه سریع‌تر برای بازداشت نیری اقدام کنند.
روز یکشنبه سایت آلمانی پرس پورتال خبر داده بود که فولکر بک، رییس انجمن آلمان-اسرائیل، روز ۱۶ تیر، موضوع حضور نیری در آلمان، را به دادستان و پلیس جنایی ایالت نیدرزاکسن و وزارت کشور آلمان خبر داده و خواستار تعقیب او شده، اما از آن زمان تاکنون اقدام خاصی انجام نشده است.
این سایت نوشته بود که نیری توسط مجید سمیعی، تحت درمان قرار گرفته است.
مجید سمیعی حضور حسینعلی نیری را در مرکز مغز و اعصاب هانوفر و معالجه او را تکذیب کرد. نشریه هلیدزهایم آلگماینه به نقل از سمیعی نوشت او این اتهام را رد کرده و افزوده به عنوان یک پزشک وظیفه دارد هرکسی را معالجه کند حتی اگر این شخص ولادیمیر پوتین باشد
به دنبال انتشار این خبر تعدادی از ایرانیان مقابل کلینیک علوم مغز و اعصاب در هانوفر تجمع کردند.
سال ۱۳۹۷ نیز محمود هاشمی شاهرودی، رییس سابق قوه قضاییه، در این کلینیک در هانوفر آلمان بستری شده بود و پس از تلاش شماری از ایرانیان مقیم آلمان برای طرح شکایت و بازداشت او به ایران بازگشت.
