نشست مشترک سران قوا ساعاتی پس از کشته‌شدن دو قاضی ارشد دیوان عالی کشور
او پس از سال ۱۳۸۸ نیز احکام اعدام تعدادی از زندانیان را صادر کرد؛ از جمله جعفر کاظمی و محمدعلی حاج آقایی که به اتهام «محاربه» از طریق «همکاری با سازمان مجاهدین خلق» اعدام شدند.
مقیسه در سمت رییس یک شعبه دیوان عالی کشور نیز تعدادی از احکام اعدام را تایید کرد.
محمد مُقیسه‌ای با نام مستعار ناصریان، از مهم‌ترین قضات حامی سرکوب و کشتار زندانیان سیاسی در سال‌های گذشته بود.
او که متولد سال ۱۳۳۵ در روستایی به همین نام (مقیسه) در اطراف سبزوار بود، از سال ۱۳۶۰ همکاری خود را با دستگاه قضایی جمهوری اسلامی آغاز کرد.
مقیسه از عوامل امنیتی و قضایی پیگیر اعدام زندانیان دهه ۶۰ و به خصوص تابستان ۶۷ بود.
زندانیان جان به در برده از اعدام‌ها، او را از چهره‌های خشن قضایی در زندان‌های دهه ۶۰ توصیف کرده‌اند.
مقیسه در سمت ناظر زندان قزل‌حصار و دادیار زندان گوهردشت در کشتار زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ و به ویژه تابستان ۶۷ نقش مهمی داشت.
مطرح شدن نام مقیسه در دادگاه حمید نوری
نام مقیسه در پرونده حمید نوری (عباسی)، دادیار سابق زندان گوهردشت، بارها مطرح شد و از جمله در آخرین دور از دادگاه تجدیدنظر، دادگاه با درخواست وکیلان او برای حضور مصطفی پورمحمدی، محمد مقیسه و سیروس شیخ‌پور موافقت کرد.
با این حال دادستان در صحن دادگاه اعلام کرد در صورت ورود مقیسه و پورمحمدی به خاک سوئد، این دو نفر بازداشت خواهند شد.
مقیسه در سال‌های گذشته احکام اعدام تعدادی از زندانیان را صادر کرد و از جمله شهرام احمدی، خالد ملکی، مختار رحیمی، بهمن رحیمی، آرش شریفی، کاوه ویسی و کاوه شریفی، زندانیان سنی مذهب، با حکم او اعدام شدند.
او صدور احکام زندان‌های طولانی مدت برای رهبران بهائی، معترضان جنبش سبز، روزنامه‌نگاران، کارگران شرکت نیشکر هفت‌تپه و بسیاری از فعالان سیاسی و مدنی را نیز در کارنامه نقض حقوق بشر خود دارد.
تمام کسانی که تجربه دادگاه با مقیسه را داشته‌اند، فحاشی‌های بسیار و رفتارهای خشن او را بخشی از روند همیشگی جلسات محاکمه عنوان کرده‌اند.
صدور حکم حدود دو هزار سال زندان
بر اساس محاسبه سایت اطلس زندان‌های ایران، مقیسه تنها تا سال ۱۳۹۹ در ۳۳۵ پرونده، هزار و ۶۵۳ سال حکم زندان صادر کرد.
او از جمله هشت فعال فیس‌بوکی را به ۱۲۷ سال زندان محکوم کرد.
اردیبهشت ماه سال ۹۸ نیز بکتاش آبتین، کیوان باژن و رضا خندان، سه عضو کانون نویسندگان ایران، از سوی او به ۱۸ سال زندان محکوم شدند.
بکتاش آبتین در زندان جان خود را از دست داد.
مقیسه برای مدیران جامعه بهائی و تعداد دیگری از بهائیان، حدود ۲۰۰ سال حکم زندان صادر کرده است.
احکام صادر شده به وسیله او برای معترضان به حجاب اجباری نیز حدود ۶۰ سال بوده است.
نسرین ستوده، بهاره هدایت، فاطمه اختصاری، مهدی موسوی، مرضیه امیری، علی نجاتی، شقایق محکی، آتنا دائمی، اسماعیل بخشی، سپیده قلیان، امیرعلی امیرقلی، امیرحسین محمدی فرد، ساناز الهیاری و عسل محمدی، از دیگر فعالان سیاسی و مدنی هستند که به وسیله مقیسه به زندان محکوم شده یا حقوقشان نقض شده است.
مقیسه همچنین قاضی پرونده مهدی هاشمی، فرزند اکبر هاشمی رفسنجانی نیز بود.
تا میانه‌های دهه ۹۰، از این قاضی دادگاه انقلاب که اغلب در فضای عمومی ظاهر نمی‌شد، تنها عکس کوچکی منتشر شده بود تا این که پس از سپرده شدن پرونده های اقتصادی به او در سال ۱۳۹۶ و در دادگاه متهمان ردیف دوم و سوم پرونده بابک زنجانی، عکسی از محمد مقیسه منتشر شد.
اتحادیه اروپا در سال ۹۰ و آمریکا در سال ۹۸ مقیسه را تحریم کردند.
کانادا نیز سال گذشته مقیسه و شش قاضی دیگر را به دلیل دست داشتن در نقض فاحش و سیستماتیک حقوق بشر در نظام عدالت کیفری ایران تحریم کرد.
